Aunque uno no es un desarrollador J2EE, a veces me da por hacer el algunas pruebas y experimentos con el entorno de desarrollo. En eclipse al crear un proyecto J2EE te pregunta por la ubicación del directorio de despliegue, que por defecto se llama WebContent.
El problema es si quieres cambiar esa carpeta una vez creado.
Bien, supongo que puede ser un poco naive, pero dejo el detalle por si le sirve a alguien. He encontrado el fichero para cambiar esa carpeta de sitio (tampoco era tan difícil), se trata del fichero .settings/org.eclipse.wst.common.component y en concreto hay que cambiar:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project-modules id="moduleCoreId" project-version="1.5.0">
<wb-module deploy-name="testttt">
<wb-resource deploy-path="/" source-path="/alberto"/><!-- <--- AQUÍ -->
<wb-resource deploy-path="/WEB-INF/classes" source-path="/src"/>
<property name="context-root" value="testttt"/>
<property name="java-output-path"/>
</wb-module>
</project-modules>
Basta actualizar el deploy-path por el nuevo directorio, cierras el proyecto y abres y listo.